Para criar um bom theme para Wordpress, você precisa conhecer bem a estrutura de arquivos que são utilizados no construir estes themes. São usados vários arquivos que setorizam as várias funcionalidades do blog ou site. Veja abaixo arquivos que são normalmente utilizados:

• Página de Erro 404 – 404.php
• Histórico e Arquivo – archive.php
• Index de Histórico e Arquivo – archives.php
• Página de uma Categoria – category.php
• Comentários – comments.php
• Rodapé – footer.php
• Cabeçalho – header.php
• Links – links.php
• Home e Principal – index.php
• Páginas – page.php
• Post – single.php
• Formulário de busca – searchform.php
• Resultados de busca – search.php
• Sidebar – sidebar.php
• Stylesheet – style.css

O Wordpress usa as Query String de cada link do seu site para saber qual arquivo ele deve mostrar na página. Ele decide qual tipo de página será requisitada – uma página de busca, categoria, a home etc.
Ele procura esses arquivo dentro do diretório do seu template. Caso o WP não encontre o arquivo requisitado, ele escolhe o template padrão do index.php para ser usado. Há uma hierarquia de arquivos de template que o Wordpress irá requisitar caso ele não encontre o correto.

Por exemplo: imagine que seu visitante clique em um link de seu site que o leve para dentro de uma categoria. O Wordpress irá procurar o arquivo referente a categoria personalizada. Suponha que o ID da categoria seja 40, ele procuraria o arquivo category-40.php, que é o arquivo que personaliza a página desta categoria. Caso ele não o encontre, o Wordpress procura pelo arquivo genérico que gera as páginas de categorias, no caso o category.php. Contudo, se ele não encontrá-lo também, ele procurará o archive.php que é o documento que gera as páginas de históricos e arquivos. Caso ele também não o encontre, ele irá utilizar o arquivo principal index.php
Assim, seu sistema/blog/site não fica com erros por não encontrar um determinado documento.

Abaixo segue a hierarquia de alguns arquivos. Você pode ver muito mais detalhes aqui.

Home Page

1. home.php
2. index.php

Visualizando o post

1. single.php
2. index.php

Páginas

1. nomedapagina.php – Seria um arquivo para uma página especifica personalizada
2. page.php
3. index.php

Category display

1. category-id.php – Categoria específica, onde o ID é o número de identificação da categoria
2. category.php
3. archive.php
4. index.php

Histórico

1. date.php
2. archive.php
3. index.php

Tag

1. tagslug.php – Arquivo personalizado para uma tag específica
2. tag.php
3. archive.php
4. index.php

404

1. 404.php
2. index.phpc

Na documentação do Wordpress há um diagrama muito esclarecedor:

Muitos desenvolvedores por aí, aconselham que você comece seu theme a partir de um já pronto. Eu já vou além e sugiro que você comece fazendo os arquivos à medida em que for precisando dos arquivos. Assim você evita grandes quantidade de documentos inúteis na pasta do seu template. Isso é muito importante caso você esteja fazendo um site, por exemplo. Quanto mais organizado e menor a quantidade de arquivos, melhor. Mesmo assim, não atole todas as funções no index.php. Divida cuidadosamente as seções do site para não haver confusão em apenas um arquivo.

É possível saber quais os arquivos você precisará utilizar em seu template logo quando recebemos os documentos em HTML. Você pode utilizá-los como base para a criação dos arquivos dos templates. É a melhor maneira de começar criando um theme do zero.

No site do Wordpress há outras muitas informações importantes sobre a Hierearquia dos Arquivos.